Forskjell mellom versjoner av «Dataflyt»
(→Bakgrunn) |
|||
(5 mellomliggende revisjoner av samme bruker vises ikke) | |||
Linje 1: | Linje 1: | ||
− | [[Best-practice manual for geolocation at NHM]] | + | Link: [[Best-practice manual for geolocation at NHM]] |
+ | |||
+ | Denne wikien er under oppbygging - legg gjerne inn informasjon! | ||
== Best-practice manual for dataflyt ved NHM == | == Best-practice manual for dataflyt ved NHM == | ||
Linje 12: | Linje 14: | ||
=== Bakgrunn === | === Bakgrunn === | ||
− | |||
− | Data for | + | Data for de ulike samlingene finnes i ulike databaser: |
+ | {| class="wikitable" | ||
+ | !Gruppe | ||
+ | !Organismegruppe | ||
+ | !Database | ||
+ | !Kontaktperson | ||
+ | |- | ||
+ | |Geologi | ||
+ | |Mineraler | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | |Paleontologi | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | |Botanikk | ||
+ | |Levende planter | ||
+ | |Iris | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Moser | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Alger | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Karplanter | ||
+ | |Musit | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Diatomer | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | |Geologi | ||
+ | |Mineraler | ||
+ | | | ||
+ | | | ||
+ | |- | ||
+ | |Mykologi | ||
+ | |Lav | ||
+ | |Musit | ||
+ | |Einar Timdal | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Sopp | ||
+ | |Musit | ||
+ | |Karl-Henrik Larsson | ||
+ | Katriina Bendiksen | ||
+ | |- | ||
+ | |Zoologi | ||
+ | |Pattedyr | ||
+ | |Specify | ||
+ | |Øystein Wiig | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Fugl | ||
+ | |Corema | ||
+ | |Jan T. Lifjeld | ||
+ | Lars Erik Johannessen | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Fisk og herptiler | ||
+ | |Access | ||
+ | |Åge Brabrand | ||
+ | Ann-Helen Rønning | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Insekter | ||
+ | |Musit | ||
+ | |Geir Søli | ||
+ | Dawn Williams | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Krepsdyr mm | ||
+ | | | ||
+ | |Åse Wilhelmsen | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Bløtdyr mm | ||
+ | |På vei inn i Musit | ||
+ | |Torsten Struck | ||
+ | |||
+ | Ann-Helen Rønning | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | |Helminter mm | ||
+ | |På vei inn i Musit | ||
+ | |Torsten Struck | ||
+ | Ann-Helen Rønning | ||
+ | |- | ||
+ | |DNA og vevsprøver | ||
+ | | | ||
+ | |Corema | ||
+ | |Arild Johnsen | ||
+ | Lars Erik Johannessen | ||
+ | |} | ||
=== Innsamling === | === Innsamling === | ||
− | + | ==== Innsamlingsnummere/Collection-number ==== | |
− | + | Skal være unike. | |
− | |||
− | |||
− | + | Eksempler: | |
− | + | *Initialer og årstall og løpenummer per år: ON16-001 for Ola Nordmanns første prøve fra 2016 | |
− | * | + | *Musit reg.nummer: |
− | + | **reserver en serie på forhånd | |
− | + | **skriv ut lapper med 1D strekkoder og musitnummere | |
− | + | **før inn musitnumrene i excel med stjerne foran og bak (<nowiki>f.ek</nowiki>s. *260501*) og velg font Free 3 of 9 | |
− | + | *Waypunkt fra GPS (ikke nødvendigvis unikt) | |
− | + | *bildenavn | |
− | + | *UUID | |
− | + | **Insekter: kan gis i felt: legg insektet i rør med sprit, legg spritrøret i større rør med UUID-lapp (relevant ved subsampling til DNA analyser i felt) (UUID-lappen tåler ikke sprit). Ta med 2D strekkodeleser og pc i felt | |
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | * | ||
− | |||
− | |||
+ | ==== Innsamlingsdata ==== | ||
Se egen [[Best-practice manual for geolocation at NHM|wiki]] for koordinater | Se egen [[Best-practice manual for geolocation at NHM|wiki]] for koordinater | ||
=== Data til Musit === | === Data til Musit === | ||
− | |||
− | + | ==== Dataverktøy for bruk i felt ==== | |
+ | ===== Digiart ===== | ||
Digiart er Vidar Bakkens software for registreringer i artsobs. Programmet er laget for felt-pc’er med touch-screen og innebygget gps, men fungerer også på vanlig pc. Det er lagt til funksjoner for å merke av at belegg samles inn, og for eksport av data til MUSIT import-ark. | Digiart er Vidar Bakkens software for registreringer i artsobs. Programmet er laget for felt-pc’er med touch-screen og innebygget gps, men fungerer også på vanlig pc. Det er lagt til funksjoner for å merke av at belegg samles inn, og for eksport av data til MUSIT import-ark. | ||
− | + | ===== Einar Timdals Excel-system ===== | |
− | |||
Utviklet for prøvetaking til DNA analyser i felt. Man fyller ut en strekkode-sampling-fil, med minst mulig info (brønn-nr, ev. innsamlingsno, bildenavn, ev gps-punkt). Etter feltarbeidet fyller man ut en innsamlingsfil, som blir utgangspunkt for MUSIT-import. Her føres alle data om tid, sted og personer. Dataene fra dette excel-arket formatteres for MUSIT import-ark ved hjelp av Visual Basic-scripts implementert i en webside. | Utviklet for prøvetaking til DNA analyser i felt. Man fyller ut en strekkode-sampling-fil, med minst mulig info (brønn-nr, ev. innsamlingsno, bildenavn, ev gps-punkt). Etter feltarbeidet fyller man ut en innsamlingsfil, som blir utgangspunkt for MUSIT-import. Her føres alle data om tid, sted og personer. Dataene fra dette excel-arket formatteres for MUSIT import-ark ved hjelp av Visual Basic-scripts implementert i en webside. | ||
− | + | ===== MUSIT Excel import-ark ===== | |
− | |||
I MUSIT-import-arket legger man inn data i et spesifikt format med hjelp av makroer. Deretter kan man foreta validering av dataene, og eksport til Darwin-core-format, som så kan importeres til MUSIT. | I MUSIT-import-arket legger man inn data i et spesifikt format med hjelp av makroer. Deretter kan man foreta validering av dataene, og eksport til Darwin-core-format, som så kan importeres til MUSIT. | ||
− | + | ===== Felt-pad - hardware ===== | |
− | |||
GeCo har flere felt-PAD’er som kan lånes: GETAC-F110. De har Windows 10, Intel Core i7vPrD, 11.6’’ TFT LCD HD, batteri med opptil 12 timers levetid, innebygget GPS og SIM med mobilnett. De er vanntette, man kan bytte batteri mens man jobber og de har bæresele. GeCo har flere batterier for hver pad. | GeCo har flere felt-PAD’er som kan lånes: GETAC-F110. De har Windows 10, Intel Core i7vPrD, 11.6’’ TFT LCD HD, batteri med opptil 12 timers levetid, innebygget GPS og SIM med mobilnett. De er vanntette, man kan bytte batteri mens man jobber og de har bæresele. GeCo har flere batterier for hver pad. | ||
Kalenderen for booking av FELTPAD er på nett; [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1aTUeTcajG0C5yXCxXph_JqL0Ht0S3s5mJPFm-VqIJPs/edit?pref=2&pli=1 https://docs.google.com/spreadsheets/d/1aTUeTcajG0C5yXCxXph_JqL0Ht0S3s5mJPFm-VqIJPs/edit?pref=2&pli=1#gid=997111749]. Bruk den fornuftig, og kun studenter/ansatte ved NHM kan stå som lånetaker. | Kalenderen for booking av FELTPAD er på nett; [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1aTUeTcajG0C5yXCxXph_JqL0Ht0S3s5mJPFm-VqIJPs/edit?pref=2&pli=1 https://docs.google.com/spreadsheets/d/1aTUeTcajG0C5yXCxXph_JqL0Ht0S3s5mJPFm-VqIJPs/edit?pref=2&pli=1#gid=997111749]. Bruk den fornuftig, og kun studenter/ansatte ved NHM kan stå som lånetaker. | ||
− | + | [[Fil:Dataflyt bilde.png|miniatyr|Figur: Dataflyt ved NHM for organsimer som er i MUSIT]] | |
=== Data til Corema === | === Data til Corema === |
Nåværende revisjon fra 14. sep. 2017 kl. 08:43
Link: Best-practice manual for geolocation at NHM
Denne wikien er under oppbygging - legg gjerne inn informasjon!
Innhold
Best-practice manual for dataflyt ved NHM
Sist endret 22.8.2017
Omhandler dataflyt fra felt til database.
Mål for rutinene våre:
- Skrive minst mulig for hånd, mest mulig automatisk
Bakgrunn
Data for de ulike samlingene finnes i ulike databaser:
Gruppe | Organismegruppe | Database | Kontaktperson |
---|---|---|---|
Geologi | Mineraler | ||
Paleontologi | |||
Botanikk | Levende planter | Iris | |
Moser | |||
Alger | |||
Karplanter | Musit | ||
Diatomer | |||
Geologi | Mineraler | ||
Mykologi | Lav | Musit | Einar Timdal |
Sopp | Musit | Karl-Henrik Larsson
Katriina Bendiksen | |
Zoologi | Pattedyr | Specify | Øystein Wiig |
Fugl | Corema | Jan T. Lifjeld
Lars Erik Johannessen | |
Fisk og herptiler | Access | Åge Brabrand
Ann-Helen Rønning | |
Insekter | Musit | Geir Søli
Dawn Williams | |
Krepsdyr mm | Åse Wilhelmsen | ||
Bløtdyr mm | På vei inn i Musit | Torsten Struck
Ann-Helen Rønning | |
Helminter mm | På vei inn i Musit | Torsten Struck
Ann-Helen Rønning | |
DNA og vevsprøver | Corema | Arild Johnsen
Lars Erik Johannessen |
Innsamling
Innsamlingsnummere/Collection-number
Skal være unike.
Eksempler:
- Initialer og årstall og løpenummer per år: ON16-001 for Ola Nordmanns første prøve fra 2016
- Musit reg.nummer:
- reserver en serie på forhånd
- skriv ut lapper med 1D strekkoder og musitnummere
- før inn musitnumrene i excel med stjerne foran og bak (f.eks. *260501*) og velg font Free 3 of 9
- Waypunkt fra GPS (ikke nødvendigvis unikt)
- bildenavn
- UUID
- Insekter: kan gis i felt: legg insektet i rør med sprit, legg spritrøret i større rør med UUID-lapp (relevant ved subsampling til DNA analyser i felt) (UUID-lappen tåler ikke sprit). Ta med 2D strekkodeleser og pc i felt
Innsamlingsdata
Se egen wiki for koordinater
Data til Musit
Dataverktøy for bruk i felt
Digiart
Digiart er Vidar Bakkens software for registreringer i artsobs. Programmet er laget for felt-pc’er med touch-screen og innebygget gps, men fungerer også på vanlig pc. Det er lagt til funksjoner for å merke av at belegg samles inn, og for eksport av data til MUSIT import-ark.
Einar Timdals Excel-system
Utviklet for prøvetaking til DNA analyser i felt. Man fyller ut en strekkode-sampling-fil, med minst mulig info (brønn-nr, ev. innsamlingsno, bildenavn, ev gps-punkt). Etter feltarbeidet fyller man ut en innsamlingsfil, som blir utgangspunkt for MUSIT-import. Her føres alle data om tid, sted og personer. Dataene fra dette excel-arket formatteres for MUSIT import-ark ved hjelp av Visual Basic-scripts implementert i en webside.
MUSIT Excel import-ark
I MUSIT-import-arket legger man inn data i et spesifikt format med hjelp av makroer. Deretter kan man foreta validering av dataene, og eksport til Darwin-core-format, som så kan importeres til MUSIT.
Felt-pad - hardware
GeCo har flere felt-PAD’er som kan lånes: GETAC-F110. De har Windows 10, Intel Core i7vPrD, 11.6’’ TFT LCD HD, batteri med opptil 12 timers levetid, innebygget GPS og SIM med mobilnett. De er vanntette, man kan bytte batteri mens man jobber og de har bæresele. GeCo har flere batterier for hver pad.
Kalenderen for booking av FELTPAD er på nett; https://docs.google.com/spreadsheets/d/1aTUeTcajG0C5yXCxXph_JqL0Ht0S3s5mJPFm-VqIJPs/edit?pref=2&pli=1#gid=997111749. Bruk den fornuftig, og kun studenter/ansatte ved NHM kan stå som lånetaker.
Data til Corema
Se DNA bankens egen side på wiki’en, og Best practice for strekkoding
DNA strekkode data til BOLD
Data går først til Musit, derfra til Corema, og derfra til BOLD, vha eksportfunksjoner.
Se egen best practice .
Data til GBIF
Går automatisk
Data til Artskart
Artskart mottar data fra blant annet GBIF og Artsobservasjoner. Noen ganger er det samme data. En måte å unngå dobbeltrapportering i Artskart er å ta med Artsobservasjons-nummeret i musit/GBIF. Da blir Artsobservasjon-datapunktet gjemt, og bare GBIF-punktet blir liggende.