Forskjell mellom versjoner av «Dataflyt»
(→Bakgrunn) |
(→Best-practice manual for dataflyt ved NHM) |
||
Linje 12: | Linje 12: | ||
=== Bakgrunn === | === Bakgrunn === | ||
+ | |||
+ | Data for de levende plantene i hagen ligger i Iris. | ||
+ | |||
Data for våre samlinger av karplanter, sopp, lav og insekter ligger i Musit. | Data for våre samlinger av karplanter, sopp, lav og insekter ligger i Musit. | ||
Linje 25: | Linje 28: | ||
Eksempler: | Eksempler: | ||
*Initialer og årstall og løpenummer per år: ON16-001 for Ola Nordmanns første prøve fra 2016 | *Initialer og årstall og løpenummer per år: ON16-001 for Ola Nordmanns første prøve fra 2016 | ||
− | * | + | *Musit reg.nummer: |
− | |||
**reserver en serie på forhånd | **reserver en serie på forhånd | ||
**skriv ut lapper med 1D strekkoder og musitnummere | **skriv ut lapper med 1D strekkoder og musitnummere |
Revisjonen fra 25. aug. 2017 kl. 14:06
Best-practice manual for geolocation at NHM
Innhold
Best-practice manual for dataflyt ved NHM
Sist endret 22.8.2017
Omhandler dataflyt fra felt til database.
Mål for rutinene våre:
- Skrive minst mulig for hånd, mest mulig automatisk
Bakgrunn
Data for de levende plantene i hagen ligger i Iris.
Data for våre samlinger av karplanter, sopp, lav og insekter ligger i Musit.
Data for pattedyr ligger i Specify.
Data for fugl og vevsprøver/DNA (alle organsimetyper) ligger i Corema.
Innsamling
Innsamlingsnummere/Collection-number
Skal være unike.
Eksempler:
- Initialer og årstall og løpenummer per år: ON16-001 for Ola Nordmanns første prøve fra 2016
- Musit reg.nummer:
- reserver en serie på forhånd
- skriv ut lapper med 1D strekkoder og musitnummere
- før inn musitnumrene i excel med stjerne foran og bak (f.eks. *260501*) og velg font Free 3 of 9
- Waypunkt fra GPS (ikke nødvendigvis unikt)
- bildenavn
- UUID
- Insekter: kan gis i felt: legg insektet i rør med sprit, legg spritrøret i større rør med UUID-lapp (relevant ved subsampling til DNA analyser i felt) (UUID-lappen tåler ikke sprit). Ta med 2D strekkodeleser og pc i felt
Innsamlingsdata
Se egen wiki for koordinater
Data til Musit
Dataverktøy for bruk i felt
Digiart
Digiart er Vidar Bakkens software for registreringer i artsobs. Programmet er laget for felt-pc’er med touch-screen og innebygget gps, men fungerer også på vanlig pc. Det er lagt til funksjoner for å merke av at belegg samles inn, og for eksport av data til MUSIT import-ark.
Einar Timdals Excel-system
Utviklet for prøvetaking til DNA analyser i felt. Man fyller ut en strekkode-sampling-fil, med minst mulig info (brønn-nr, ev. innsamlingsno, bildenavn, ev gps-punkt). Etter feltarbeidet fyller man ut en innsamlingsfil, som blir utgangspunkt for MUSIT-import. Her føres alle data om tid, sted og personer. Dataene fra dette excel-arket formatteres for MUSIT import-ark ved hjelp av Visual Basic-scripts implementert i en webside.
MUSIT Excel import-ark
I MUSIT-import-arket legger man inn data i et spesifikt format med hjelp av makroer. Deretter kan man foreta validering av dataene, og eksport til Darwin-core-format, som så kan importeres til MUSIT.
Felt-pad - hardware
GeCo har flere felt-PAD’er som kan lånes: GETAC-F110. De har Windows 10, Intel Core i7vPrD, 11.6’’ TFT LCD HD, batteri med opptil 12 timers levetid, innebygget GPS og SIM med mobilnett. De er vanntette, man kan bytte batteri mens man jobber og de har bæresele. GeCo har flere batterier for hver pad.
Kalenderen for booking av FELTPAD er på nett; https://docs.google.com/spreadsheets/d/1aTUeTcajG0C5yXCxXph_JqL0Ht0S3s5mJPFm-VqIJPs/edit?pref=2&pli=1#gid=997111749. Bruk den fornuftig, og kun studenter/ansatte ved NHM kan stå som lånetaker.
Data til Corema
Se DNA bankens egen side på wiki’en, og Best practice for strekkoding
DNA strekkode data til BOLD
Data går først til Musit, derfra til Corema, og derfra til BOLD, vha eksportfunksjoner.
Se egen best practice .
Data til GBIF
Går automatisk
Data til Artskart
Artskart mottar data fra blant annet GBIF og Artsobservasjoner. Noen ganger er det samme data. En måte å unngå dobbeltrapportering i Artskart er å ta med Artsobservasjons-nummeret i musit/GBIF. Da blir Artsobservasjon-datapunktet gjemt, og bare GBIF-punktet blir liggende.